La Directiva 91/271/CEE del Consejo, de 21 de mayo de 1991 (LA LEY 4177/1991), relativa al tratamiento de aguas residuales urbanas tiene por objeto proteger el medio ambiente de los efectos adversos de las aguas residuales urbanas de los sectores doméstico e industrial. Según la Directiva, los pueblos y ciudades están obligados a establecer la infraestructura necesaria para recoger y tratar sus aguas residuales urbanas antes de verterlas en las masas de agua.
Según la Directiva los Estados miembros de la UE deben proporcionar un tratamiento secundario de todas las descargas de aglomeraciones de más de 2.000 habitantes y un tratamiento más avanzado para las aglomeraciones de más de 10.000 habitantes en áreas sensibles designadas. El tratamiento secundario complementa la eliminación de materia sólida de las aguas residuales urbanas (denominado tratamiento primario) con la descomposición de las sustancias orgánicas mediante el uso de bacterias. A veces, se requiere un tratamiento adicional para proteger los entornos acuáticos sensibles. Este tratamiento más estricto puede implicar la desinfección del efluente tratado para proteger las aguas de baño o de marisco. También puede implicar la eliminación de fósforo o nitratos (nutrientes presentes en las aguas residuales) para proteger las aguas amenazadas por la eutrofización.
Por su parte, el Pacto Verde Europeo establece una ambición de contaminación cero para la UE, lo que beneficia a la salud pública, el medio ambiente y la neutralidad climática, mejorando así también la resiliencia de Europa. Las aguas residuales no tratadas pueden estar contaminadas con bacterias y virus y, por lo tanto, presentan un riesgo para la salud humana y pueden contaminar lagos, ríos, suelos, aguas costeras y subterráneas. También contiene nutrientes como nitrógeno y fósforo, que pueden dañar las aguas dulces y el medio ambiente marino, al promover el crecimiento excesivo de algas que ahogan otras formas de vida, un proceso conocido como eutrofización.
Las investigaciones de la Comisión revelaron un incumplimiento generalizado de la obligación de la Directiva en 133 aglomeraciones de España. La Comisión envió una carta de emplazamiento a España en diciembre de 2016 y un dictamen motivado en febrero de 2020 en el que pedía a España que cumpliera plenamente la Directiva sobre aguas residuales urbanas. Si bien la Comisión acoge con satisfacción el hecho de que España haya realizado progresos, aún debe dotar a todas las aglomeraciones de sistemas colectores o, cuando esté justificado, con sistemas individuales u otros apropiados, como fosas sépticas, logrando el mismo nivel de protección ambiental.
España también debe redoblar sus esfuerzos para garantizar que las aguas residuales recogidas reciban un tratamiento suficiente para cumplir las normas pertinentes. Esto significa que hay aglomeraciones donde es necesario construir o mejorar la infraestructura, lo cual puede requerir inversiones en la construcción de nueva infraestructura física o la mejora de las instalaciones de tratamiento ya existentes.